La flora di Pianosa deve aver subito, a varie riprese, dei cambiamenti profondi. All'epoca romana l'isola fu certo estesamente coltivata, ed ebbe orti e giardini. In seguito, alternativamente deserta e ripopolata, deve essere stata sede di lotte ripetute fra la macchia invadente con la sua flora insulare maremmana e l'uomo che distrugge la macchia per far legna e per dissodare il terreno, che introduce con la coltura le piante arvensi e crea stazioni per quelle miderali.
Gli animali che vi si mandavano dall'Elba hanno certo contribuito a modificare la flora, distruggendo alcune delle piante della macchia, introducendone altre. All'azione dell'uomo e degli animali si deve senza dubbio la distruzione quasi totale di varie piante arboree e quindi, in parte almeno, la monotonia della macchia e probabilmente la scomparsa di alcune specie più umili ad essa associate. Sulla carta dello Zuccagni-Orlandini vi è un punto della costa designato con il nome di Cala delle Leccette, dove di lecci adesso non vi è traccia; e vi è un luogo chiamato Campo delle Felci, mentre oggi le rarissime felci dell'isola si trovano nascoste nelle buche, nelle grotte e nei crepacci della roccia. Che in Pianosa vi siano stati in certe epoche dei bei boschi, lo prova un documento dal quale sappiamo che il Principe di Piombino D. Gaetano, nel 1776 "fece grazia ai Marcianesi e Campesi, del taglio di legna in Pianosa per la valuta di 12 mila scudi" per compensarli del cattivo raccolto di vino quell'anno all'Elba. E' certo che in quell'occasione Marcianesi e Campesi avranno fatto man bassa degli alberi d'alto fusto che potevano fornire miglior legname e che di questi, per ricavarne 12 mila scudi, vi doveva essere gran copia.
Fino a pochi anni or sono gran parte del territorio di Pianosa era coltivato o perlopiù adibito a pascolo. Oggi (dopo le dismissioni del carcere), tutto è incolto e la vegetazione spontanea lentamente sta riconquistando i luoghi da cui era stata estirpata. La macchia, molto povera di specie, domina tutte la parti incolte ed è interrotta qua e là dai prati più o meno sassosi. Si può distinguere in macchia alta e bassa. Quest'ultima, che si trova nei luoghi più sterili e sassosi, dove lo strato di humus è ridotto, oltre ad essere molto bassa, è anche rada. Vi predominano il cisto marino (Cistus Monspeliensis) e il rosmarino (Rosmarinus officinalis), ai quali si uniscono gli esemplari bassi e cespugliosi di lentisco (Pistacia lentiscus) e di Olivo (Olea). Vi si trovano, anche se in minor misura il cisto villoso (Cistus incanus), il finocchio di mare (Coronilla valentina), il teucrio arbustivo e quello giallo (Teucrium fruticans e T. flavum), Prasium majus, Ruta bracteosa, Helianthemum glutinosum, H. Arabicum, H. levipes, Dorycnium hirsutum, Osyris alba, Micromeria Graeca, Passerina hirsuta. Vi è anche il mirto (Myrtus communis), ma molto raro.
Elemento principalissimo, si potrebbe quasi dire unico della macchia alta, è il lentisco, che raggiunge dimensioni notevoli. Al lentisco si associano, sporadicamente il cedrolicio (Juniperus phoenicea), l'alaterno o legno puzzo (Rhamnus alaternus), l'oleastro e poche piante scadenti, quali la lonicera intricata (Lonicera implexa), Rosa sempervirens, Rubus discolor, Clematis flammula, lo stracciabrache (Smilax aspera), Tamnus, la robbia selvatica (Rubia peregrina).
Tanto povera è la flora della macchia, così è ricca quella delle piante erbacee che si trovano sotto di essa e nella sue radure. Dove, insieme alla microfite comuni della zona maremmana, abbondano il ranuncolo bolloso (Ranunculus bullatus), il Cerastium siculum, il Narcissus serotinus, il Bromus fasciculatus, l'Avellinia Michelii, l'Ophioglossum Lusitanicum, ed è li dove trovasi il Petalophyllum Ralfsii.
Un'isola uniformemente piana, tutta calcarea e priva di acqua non può presentare grande variabilità nella vegetazione. Oltre alla macchia ed alle sue radure mostrano caratteristiche particolari i luoghi erbosi aprici, le rupi marine e quelle più lontane dal mare, le spiagge, le grotte, gli stillicidi ed i luoghi inondati d'inverno.
In molti luoghi aprici, prati o pascoli, che sono generalmente sassosi, la nota caratteristica è data dall'asfodelo o porraccio (Asphodelus microcarpus), dalla Euphorbia pinea e dalla Stipa tortilis che coprono intere plaghe, e in qualche punto dalla scilla marina (Urginea maritima) e dalla Thapsia garganica. In estate ed in autunno molti luoghi aprici sono coperti dalla Carlina corymbosa che con le sue foglie spinose inceppa il cammino.
Caratteristica è la vegetazione delle rupi prossime, ricche di ginestrino delle scogliere (Lotus cytisoides), Helichrysum angustifolium, di dauco marino (Daucus gingidium), di cineraria marittima (Senecio cineraria), Linaria capraria, di finocchio di mare (Crithmum marittimum) Dactylis Hispanica, Allium Ampeloprasum ed in prossimità del mare di Statice, Frankenia, Silene sedoides, Hutchinsia procumbens.
Le rupi che non sono sotto l'influenza diretta del mare non presentano una vegetazione così caratteristica come le precedenti. Per esse si possono comunque citare l'ombelico (Umbilicus pendulinus), Scolopendrium hemionitis, Phagnalon sordidum, Parietaria lusitanica. La pinocchina (Sedun rupestre) si rinviene sia sulle rupi prossime che distanti dal mare.
Sulla spiaggia di Cala San Giovanni, la flora è rappresentata da un discreto numero di piante esclusivamente psammofile, quali Crucianella maritima, l'eringio marino (Eryngium marittimum), la medicagine marina (Medicago marina), Diotis candidissima, le soldanelle di mare (Calystegia soldanella) ecc.
Gli stillicidi della costa, alla Lavanderia Vecchia, ed in pochi altri punti del Golfo della Botte e qualche raro e piccolissimo avvallamento del terreno che conserva l'umidità fino in primavera, albergano poche piante più o meno idrofile: Samolus Valerandi, Scirpus maritimus, S. Holoschoenus, Juncus bufonius, Heleocharis palustris, Trifolium fragiferum, Lythrum Hyssopifolia, Inula crithmoides, Agrostis verticiltala, Pellia Fabroniana; mentre nella vasca e nei rigagnoli della Lavanderia Vecchia, oltre ad una Chara ed a qualche alga di acqua dolce, si trova l'unica fanerogama realmente acquatica di Pianosa, la Lemna minor.
L'aspetto fioristico di Pianosa è assai diverso secondo le stagioni. Dopo aver subito un arresto quasi completo durante i calori estivi, la vita vegetale riprende nuovo vigore con le prime piogge autunnali. Quando si visita Pianosa alla fine di Ottobre e al principio di Novembre, si vede tutta l'isola verdeggiante per la grande quantità di giovani piantine germogliate da poco, che formano un folto tappeto nei luoghi aprici e nelle radure della macchia, alternati qua e là con muschi smeraldini e licheni. Appena sbarcati si rimane colpiti dalle bianche distese di alisso odoroso (Lobularia maritima) in piena fioritura, e dal suo forte odore di miele. Quasi tutte la parti incolte sono coperte, talvolta quasi completamente, dal giallo dorato del ranuncolo bolloso (Ranunculus bullatus), anch'esso in pieno fiore. In minore quantità, anche se diffusi per tutta l'isola, si vedono i fiori della Thrincia tuberosa che, a differenza del ranuncolo, scompare quando il cielo si rannuvola, chiudendo i suoi capolini. Non meno comuni, anche se meno diffusi sono la Tunica saxifraga. Qua e là si intravedono fiori di Picridium vulgare, di Salvia verbenaca, di S. multifida, e nella macchia quelli dello stracciabrache. Sono in fiore anche la Spiranthes autumnalis e l'Arisarum vulgare che spesso copre il terreno con le foglie. Dovunque si riconoscono ancora la Scilla autumnalis ed il Narcissus serotinus, entrambi molto abbondanti ma ora quasi sfioriti, mentre della scilla marina rimangono gli alti steli fruttiferi disseccati e le foglie morte. Pure vistosa è la fioritura della Diplotaxis muralis e del fico d'India (Opuntia ficus-indica), che mostra frutti maturi e fiori.
Tornando in Pianosa al principio di Marzo si osservano in fiore la maggior parte delle piante della microflora. Sono già vistosi il fior-stella (Anemone hortensis) con le sue stelle rosa d'eccezionale grandezza, l'A. coronaria, tutte e sette le specie di Fumaria di cui alcuni campi sono letteralmente coperti, la calendula selvatica (Calendula arvensis), la Matthiola incana che colorisce in viola o paonazzo qualche rupe, mentre altre cominciano a tingersi di giallo per i fiori del Lotus cytisoides. La Diplotaxsis muralis e la Lobularia maritima sono ancora fiorite abbondantemente come in Novembre ed incominciano a vedersi i primi racemi spiciformi delle reseda bianca (Raseda alba). Nella macchia bassa è già fiorito il rosmarino, iniziano a tingersi di giallo gli arbusti dei vecciarini (Coronilla valentina), e frale microfite si scorgono i fiori di Ophrys fusca, O. bombyliflora, Botryanthus odorus e si chiudono al sole nelle ore meridiane le umili ma abbondantissime stelline della romulea (Romulea Columnae). La filaggine nana (Evax pygmaea) non è ancora fiorita, ma le sue piantine giovani, straordinariamente abbondanti, tingono già di un grigio cenerino molte fra le più nude ed aride plaghe. Tra i frutici della macchia e nel piano aprico fioriscono gli asfodeli, in altri luoghi nudi e su molte rupi marine la colorazione è data dalla Euphorbia pinea.
Villucchi rosa
(Convolvulus althaeoides)sul Lungomare Agrippa
In Aprile e Maggio, quando la fioritura è al suo colmo, anche la macchia bassa perde il suo aspetto monotono. I rosmarini sono allora trasformati in tante cupole di un celeste chiaro e con essi rivaleggiano i teucri (Teucrium fruticans); il fogliame verde uniforme dei cisti è cosparso di stelle bianche e rosee e i vecciarini (Coronilla valentina) attirano da lontano i pronubi col loro giallo vivace e con l'acuto odore, mentre qua e là nella macchia alta, la lonicera intricata (Lonicera implexa) porta al sole le sue ombrelle di fiori profumati. Le rupi marine sono in molti luoghi interamente nascoste sotto un tappeto verde e giallo di Lotus cytisoides, o sotto ai bianchi capolini dell'Anthemis maritima. Sopra la Darsena d'Augusto abbonda la Matthiola tricuspidata, più abbagliante dell'arena bianca sulla quale cresce. In tutta l'isola si schiudono al sole le grandi corolle rosee dei vilucchi (Convolvulus althaeoides) e nelle sabbie marine quelle non meno belle della soldanella di mare (Calystegia soldanella). Qua e là predomina il colore giallo per l'abbondanza della Seriola e della Hedypnois. Alcuni spiazzi erbosi sono interamente coperti dalle ondeggianti spighe setoso-dorate della Stipa tortilis. In molti luoghi sono gli asfodeli, adesso in pieno fiore, che danno l'impronta al paesaggio. Dovunque nella macchia bassa si vedono dei fiori fra i quali primeggiano per bellezza quelli dell'orchidea a farfalla (Orchis papilionacea) e per quantità quelli dell' aglio cigliato (Allium subhirsulum). La microflora sta scomparendo, mentre si sono sviluppate alcune piante erbacee quali Thapsia, Onopordon, Silybum, Carduus.
Nelle parti coltivate domina spesso il giallo dell'Erucastrum incanum, del Rapistrum rugosum, del Raphanus landra e della Calendula arvensis; in altri il bianco del Tordylium apulum; in alcuni campi sopravvivono ancora le Fumaria, mentre in altri risaltano i papaveri (Papaver rhoeas); ma ovunque è la reseda bianca (Reseda alba) con i suoi lunghi racemi di fiori. Per la sua frequenza ed l'eleganza, questa specie, così rara in Toscana, si può dire una caratteristica di Pianosa.
Tutto cambia alla fine di Giugno. La macchia bassa ha ripreso il suo colore verde uniforme, rimangono rari fiori di rosmarino e ne compaiono pochi di Rubus e di Clematis. La microflora è morta e disseccata. Per estesi tratti il terreno è ricoperto completamente soltanto di erbe. E' finita la fioritura della reseda bianca e degli asfodeli non si vede più altro che gli steli circondati da foglie morte e sbiancate mentre della Thapsia rimangono in piedi i cauli disseccati, sormontati dalle grandi ombrelle dei frutti. Alcuni dei fiori che facevano bella mostra di sé in primavera persistono ancora, come quelli dei papaveri, Picridium, Sonchus, Urospermum, anche l'Erucastrum incanum è ancora discretamente fiorito come qualche villucco rosa, mentre è in piena fioritura ed abbondante il Convolvulus arvensis. Altre piante fioriscono adesso, ma sono meno vistose e belle di quelle dei mesi passati. Fra esse spiccano le ombrelle bianche dei Daucus che si vedono dovunque, sulle scogliere come nei campi incolti e nella macchia, mentre sulle pendici marine primeggia il giallo dell'elicriso e della Cineraria. In pieno fiore è pure la Scabiosa maritima, abbondantissima in tutta l'isola. Come pure gli Scolymus hispanicus. Anche i Carduncellus lanatus sono abbondanti, ma i fiori zolfini si intravedono appena. La Carlina corymbosa invade tutta l'isola ed è frequente soprattutto nei tratti "smacchiati", ma ancora non ha aperto un capolino, come non sono aperti quelli della Carlina lanata. Graziosi sono i globetti rossi dell'Allium sphaerocephalum che si incontrano dappertutto nella macchia e nei campi incolti. La pianta in fiore più abbondante è però la Ptychotis ammoides. I suoi minutissimi fiori formano come un tenue velo bianco trasparente disteso sul suolo. Qua e là fanno bella mostra di sé gli Onopordon alti quanto un uomo, che sono ancora in parte fioriti. Il Silybum marianum invece, che cominciava a fiorire a metà di Maggio, è ora interamente secco. Nella macchia bassa si vedono ancora abbondanti i fiori di Helianthemum glutinosum, il solo degli Helianthemum che sia ancora fiorito. La macchia alta, ossia la Pistacia che la costituisce quasi per intero, resiste all'arsura ed è rimasta fresca e verde, ed alla sua ombra si sono conservate fresche alcune piante erbacee.