La fine delle ostilità significava per Pianosa il ritorno alla sua funzione originaria, cioè luogo di reclusione e pena. Non pochi, infatti, furono gli ex-fascisti e i reduci della R.S.I. reclusi sull'isola subito dopo la guerra.
Con il passare del tempo, l'amministrazione carceraria provvide per quanto possibile alle necessità di tutti i presenti, cercando di alleviare i disagi della popolazione civile.
Le navi di linea dell'Arcipelago andarono tutte distrutte durante il conflitto e nell'immediato periodo postbellico i regolari collegamenti con l'Elba e con il continente vennero ristabiliti con piccoli bastimenti privati, ai quali subito dopo subentrerà la Società di Navigazione Toscana (oggi TO.RE.MAR.).
Oltre agli Agenti di Custodia, sull'isola erano presenti una stazione dei Carabinieri, (fino agli anni '60) e un distaccamento della Guardia di Finanza, (fino agli inizi degli anni '70) con compiti anche di Delegazione di spiaggia.
Nei primi anni '60 tutte le abitazioni private furono dotate di acqua corrente.
La tranquilla routine veniva talvolta interrotta dai veri o presunti tentativi di rivolta o evasione da parte dei reclusi meno adattabili alla detenzione sull'isola.
In sintonia con i cambiamenti in atto nel Paese, gli anni '70 segnarono una brusca interruzione nel clima generalmente sereno dell'isola.
Ad alcuni momenti festosi, come l'arrivo, ogni estate, dei calciatori di "serie A", impegnati in tornei calcistici con gli Agenti di Custodia e i reclusi, si alternarono avvenimenti violenti, come l'omicidio, nel 1974, del direttore del carcere Massimo Masone.
In quegli anni vennero costruiti una pista di atterraggio per piccoli aerei e il nuovo pontile di attracco; per volere del Generale Dalla Chiesa la Diramazione Agrippa (l'ex Sanatorio) fu trasformata in carcere di massima sicurezza, e nel 1979 venne portato a termine il nuovo muro di cinta in cemento armato, vera barriera fisica ma anche simbolica che divise così l'isola in due comunità ben distinte: i reclusi e i liberi.
Nonostante la pesantezza del clima carcerario instauratosi sull'isola durante gli "anni di piombo", già nel 1970 troviamo la prima proposta di creazione di un Parco Naturale a Pianosa, ad opera del Gruppo di Ricerche Scientifiche e Tecniche Subacquee di Firenze (G.R.S.T.S.), alla quale è seguito però un lungo silenzio da parte delle autorità competenti, rotto soltanto dall'istituzione di una riserva marina nel 1979, attuata solo sulla carta.
Negli anni '80 si comincia a prospettare, da più parti, l'ipotesi di chiusura del carcere e la restituzione di Pianosa alle competenti autorità civili, in previsione di questa possibilità, il numero dei reclusi viene drasticamente ridotto e di conseguenza cessano le varie attività svolte dai detenuti. E' da tenere presente che a questa data non esisteva nulla di ufficiale per un eventuale rilancio di Pianosa. Il Parco Nazionale dell'Arcipelago Toscano infatti, nato con la legge regionale 67/1988 e con la delibera CIPE del 5/8/88, non comprendeva Pianosa, che rimaneva esclusa insieme ad Elba e Giglio anche dalla perimetrazione provvisoria del Parco pubblicata con decreto del Ministro dell'Ambiente del 21/7/89 e dalla legge quadro sulle aree protette n.394 del 6/12/91.
Nel persistere di questa situazione di stallo, in seguito all'emergenza dettata dagli attentati ai magistrati Falcone e Borsellino, il governo decide la immediata riapertura del carcere di massima sicurezza sull'isola, relegandovi i detenuti per reati di tipo mafioso.
Questa nuova situazione trasforma Pianosa in una fortezza, inaccessibile a tutti, con la sezione Agrippa a sua volta separata dal resto dell'isola; Pianosa viene vigilata giorno e notte da Agenti di Custodia, Carabinieri, Polizia, vengono istituiti rigidissimi divieti di sorvolo e di navigazione nelle acque circostanti.
L'emergenza si protrae fino al luglio 1997, quando l'ultimo detenuto per mafia viene trasferito dall'isola ad altre sedi di reclusione sul continente, e per il carcere di Pianosa si ricomincia a parlare di chiusura.
Una chiusura quasi definitiva nell'agosto del 1998, non essendo rimaste sull'isola che poche forze dell'ordine con compiti di vigilanza e di guardia alle strutture.
Con l'istituzione dell'Ente Parco dell'Arcipelago Toscano (Decreto del Presidente della Repubblica 22/7/96) il territorio di Pianosa risulta formalmente inserito nel Parco e le sue acque lo saranno poco dopo.
L'esistenza di un Ente quale il Parco Nazionale dell'Arcipelago Toscano dovrebbe comunque costituire una valida garanzia per la salvaguardia e il mantenimento del notevole patrimonio archeologico e ambientale presente sull'isola, nonché la definitiva restituzione di Pianosa al "mondo libero", conosciuta non più come luogo di sofferenza ma esclusivamente per le sue bellezze e la sua storia.
Purtroppo a tutto il 2006 non è cambiato niente, e il degrado avanza prepotentemente. L'unico Ente che si è mosso a grandi passi è stata la soprintendenza Archeologica per la Toscana che chiesto e ottenuto il vincolo archeologico sull'intera isola. Può sembrare un ulteriore vincolo, ma per noi è un doveroso riconoscimento a un grande patrimonio storico archeologico e naturalistico.
