Intorno al 5000 a.C., in seguito ad una progressiva risalita delle acque, queste raggiunsero quasi i livelli attuali. Gli uomini del Neolitico e dell'Eneolitico, in un breve lasso di tempo, si videro costretti ad abbandonare gli insediamenti nei pressi del mare per trasferirsi in luoghi più elevati, l'isolotto della Scola, con il suo sito neolitico, potrebbe essere una testimonianza di questo allontanamento forzato. Le più antiche tracce di presenza umana nell'isola sono però attribuibili al Paleolitico superiore, la loro scoperta è dovuta alle ricerche e all'accurata catalogazione eseguita dall'abate Gaetano Chierici nel secolo scorso.
Resti di popolazioni appartenenti al Mesolitico e al Neolitico, consistenti in strumenti litici e ceramiche provano la frequentazione dell'isola da parte di popolazioni probabilmente elbane, molti sono, infatti, i reperti lavorati o semilavorati in quarzo e selce provenienti dalla vicina isola, ma le presenze di ossidiana rimandano a commerci e scambi con la Sardegna, ulteriore segno dell'importanza di Pianosa come porto naturale di attracco e sosta per le rotte mediterranee.
I siti preistorici riferibili all'età del bronzo consistono in sepolture ad inumazione praticate in grotte naturali: la grotta artificiale detta "dei Due Scheletri", appartenente al tardo Neolitico-Eneolitico, ha restituito molto materiale classificabile come corredo funebre, già scoperto nel secolo scorso.
Le popolazioni preistoriche che risiedevano stabilmente a Pianosa hanno lasciato sul territorio una presenza consistente in sepolture di vario tipo, ossari, grotte artificiali o naturali e manufatti. I luoghi maggiormente interessati dalle attività umane sono: la caverna di Cala Giovanna, la caverna di Punta Secca, la grotta del Cortini, quella dei Due Scheletri e l'isolotto della Scola. Dalla dislocazione dei siti si può ipotizzare una economia preistorica basata essenzialmente sullo sfruttamento delle risorse ittiche; l'interno dell'isola, pur presentando ritrovamenti di tombe e piccoli pozzi per la conservazione di prodotti agricoli, non conserva tracce di insediamenti.
Recenti scoperte sono le tracce di reperti di tarda epoca etrusca, popolazione da sempre ritenuta assente da Pianosa (ma ben presente all'Elba).
N.d.R. Ulteriori informazioni sugli insediamenti del neolitico si possono trovare nel sito www.unife.it